Le microbiote

Microbiote (du grec ancien mikros qui veut dire petit et bíotos qui veut dire vie, donc microbiote veut dire vie microscopique) intestinal que l’on appelait auparavant flore intestinale est le plus célèbre et le plus important de tous les microbiotes humains. Notre flore intestinale est constituée d’environ 40.000 milliards de bactéries, levures, parasites (soit à peu près autant que de cellules humaines) et comporte 1000 espèces différentes qui se trouvent dans notre tube digestif, en particulier notre côlon et notre intestin grêle (petit intestin).

La richesse et la diversité du microbiote intestinal est le facteur crucial de la stabilité, de la résistance et de la résilience du microbiote.

Il ne s’agit pas d’une collection de microbes indépendants, mais au contraire d’un système structuré avec de nombreuses interactions logiques : on parle donc de symbiose.

Tout comme nous avons une empreinte digitale unique, nous avons un microbiote intestinal unique, spécifique qui nous est propre et dont nous sommes détenteur : c’est ce que j’appelle l’empreinte microbiotique.

Comment ça marche :

L’équilibre de notre microbiote intestinal est essentiel pour notre santé. Chacun d’entre nous offre ainsi un gîte et un couvert à ces amis microscopiques, et en échange, nos microbes vont produire des nutriments utiles à notre bonne santé, et empêcher des agents ennemis (certaines bactéries ou des substances chimiques par exemple) de pénétrer à l’intérieur de notre organisme. Voilà un marché équitable pour avoir une flore intestinale saine.

La composition de notre microbiote intestinal va être déterminée à la naissance et dans les deux premières années de vie. Il va ensuite varier au cours des différentes étapes de la vie : enfance, adolescence, grossesse(s), vieillissement.

Notre microbiote intestinal va subir au cours de la vie l’influence des nombreux facteurs extérieurs (pollution, métaux lourds, maladies…) qui peuvent le modifier négativement et conduire à une flore intestinale déséquilibrée.

Nous sommes des « holobiontes »

Ce qui compte, c’est la symbiose entre notre organisme et notre flore intestinale. Nous sommes, en effet, des holobiontes (êtres constitués par eux-mêmes et par les (micro)organismes qu’ils hébergent).

Il est important de comprendre que notre microbiote intestinal n’est pas une collection de microbes indépendants, mais au contraire un système structuré (comme un organe, qu’il est d’ailleurs) avec de nombreuses interactions logiques.

Le fait de naître à terme ou pas

Une naissance à terme est un facteur favorable à un bon microbiote intestinal de même que la naissance par voie basse. Il s’agit d’un paramètre essentiel dans l’établissement du microbiote intestinal. En cas de prématurité, le microbiote intestinal s’établit de façon très atypique avec un nombre réduit d’espèces bactériennes. Cela va se traduire par un retard d’implantation des espèces bactériennes par rapport aux enfants à terme.

L’allaitement du nouveau-né et du nourrisson

L’allaitement au lait maternel joue également un rôle (mais cela n’est, bien sûr, pas toujours possible). En effet, l’allaitement maternel nous permet d’avoir un microbiote très riche en bactéries bénéfiques pour notre santé, en particulier des bifidobactéries et il stimule le développement de notre système immunitaire précoce.

Le lait de la mère stimule la croissance des bactéries bénéfiques de l’intestin du bébé et les premières années de la vie sont donc très importantes pour avoir un microbiote de bonne qualité et un système immunitaire performant.

La confrontation à des microbes

Longtemps, la tendance a été d’éviter que les bébés ne soient en contact avec les microbes. Cela a pour conséquence de ralentir la mise en place du microbiote et nuit à sa diversité. Un défaut dans la maturation du système immunitaire peut alors entraîner des pathologies telles que les allergies. De nombreuses observations appuient cette thèse (dite hygiéniste) de l’origine des allergies.

Les antibiotiques interviennent également

Une utilisation trop fréquente (bien que parfois indispensable) d’antibiotiques est susceptible de générer un déséquilibre persistant du microbiote intestinal appelé dysbiose.

L’alimentation a un rôle essentiel aussi bien chez l’enfant et chez l’adulte.

Un rôle dans l’immunité 
Le rôle du système immunitaire de l’intestin est très important et doit être particulièrement efficace, puisqu’il doit tolérer certaines molécules étrangères “amies” provenant des aliments, et bien sûr, les bactéries de notre microbiote intestinal.

Notre organisme doit vivre en harmonie avec nos bactéries utiles mais il faut aussi, que le système de défense intestinal soit capable, grâce à l’action des bactéries intestinales, de détruire les bactéries nocives.

Microbiote intestinal et système immunitaire sont étroitement liés et si l’équilibre est rompu, notre immunité peut s’emballer et des manifestations auto-immunes peuvent survenir (l’organisme s’attaque à lui-même). La rupture de cet équilibre peut aussi réduire alors la capacité à tolérer les aliments, provoquant ainsi l’apparition d’allergies ou d’intolérances alimentaires.

Un rôle dans la digestion

Les bactéries du microbiote intestinal assurent, dans le côlon, la fermentation des glucides (sucres) non entièrement digérés dans notre intestin grêle. Cette fermentation va aboutir à la formation de différents gaz et à nos fameux pets (les flatulences). Elles facilitent aussi l’assimilation des nutriments* (grâce à des enzymes dont notre organisme n’est pas pourvu) notamment la transformation de l’amidon* en glucose.

Les nutriments sont l’ensemble des composés nécessaires à l’organisme vivant pour entretenir la vie. L’amidon se trouve dans les graines (en particulier la châtaigne, les céréales blé, maïs, froment, etc.), les légumineuses, les tubercules et rhizomes (pomme de terre, patate douce, manioc)., les fruits (bananes…).

Un rôle de synthèse

Le microbiote intestinal participe à la fabrication de certaines vitamines (en complément de celles apportées par notre alimentation) comme la vitamine K1 utile à la coagulation de notre sang, la vitamine B12 indispensable à la fabrication des globules rouges, la vitamine B8 utile pour la bonne santé des cheveux. Il faut donc comprendre l’impact de l’alimentation sur le microbiote intestinal.

Toutes ces vitamines sont fabriquées par nos bactéries intestinales, mais en quantité insuffisante et c’est pour cela qu’un apport alimentaire est indispensable (et non pas sous forme de compléments alimentaires)

Un rôle métabolique

La fermentation des sucres (les glucides) rapidement absorbés au niveau de notre côlon aboutit à la fabrication de trois substances (acétate, propionate, butyrate) qui interviennent dans la régulation de l’appétit, du taux sanguin de sucre (glycémie) et qui ont aussi un effet anti-inflammatoire et anti-cancéreux.